คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เปิดสอนปริญญาตรีทางวิชาชีพ หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตเพียงสาขาเดียว รับเข้าศึกษาเฉพาะนักศึกษาไทย ภาษาที่ใช้ คือ ภาษาไทย โดยมีความร่วมมือเพื่อผลิตบัณฑิตแพทย์กับสถาบันหลายแห่งทั้งในมหาวิทยาลัย และสถาบันต่างๆ ภายในและต่างประเทศ ดังต่อไปนี้
ภายในมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์
คณาจารย์จากคณะศิลปศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และสถาบันอิสลามและอาหรับศึกษา ร่วมสอนหมวดวิชาศึกษาทั่วไปแก่นักศึกษาในชั้นปีที่ 1 และชั้นปีที่ 2
สถาบันภายนอกมหาวิทยาลัย
1) ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลสงขลาร่วมสอนนักศึกษาช่วงชั้นปีที่ 4-6 จำนวน 24 คน
2) ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนราธิวาสราชนครินทร์ร่วมสอนนักศึกษาช่วงชั้นปีที่ 4-6 จำนวน 12 คน
3) โรงพยาบาลระโนด โรงพยาบาลสทิงพระ โรงพยาบาลเทพา โรงพยาบาลควนเนียง โรงพยาบาลปัตตานี โรงพยาบาลศูนย์ยะลา โรงพยาบาลรามัน โรงพยาบาลสุไหงโก-ลก โรงพยาบาลยี่งอ โรงพยาบาลจิตเวชสงขลาราชนครินทร์ สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสงขลา สถานบริการสาธารณสุขระดับต่างๆ ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขรับเป็นสถานที่ที่นักศึกษาชั้นปรีคลินิก และชั้นคลินิกหมุนเวียนไปฝึกงาน
4) โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า/วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ร่วมมือด้านการจัดการศึกษาหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และร่วมมือในการพัฒนาศักยภาพโรงพยาบาลกัลยานิวัฒนาการุณย์ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาส ราชนครินทร์ให้เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาชั้นคลินิก ช่วงปีที่ 4-6
5) คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ร่วมมือทางด้านวิชาการ การวิจัย และการบริการด้านการแพทย์และสาธารณสุข และระบบส่งต่อ
สถาบันการศึกษาต่างประเทศ
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ได้ทำบันทึกความเข้าใจเพื่อความร่วมมือทางด้านวิชาการ การแลกเปลี่ยนนักศึกษา และความร่วมมือการพัฒนาความสัมพันธ์ทางภาษา วัฒนธรรมกับสถาบันในประเทศสหรัฐอเมริกา ได้แก่
1) University of Illinois in Chicago (UIC), College of Medicine at Rockford, National Center for Rural Health (ค.ศ.2014-2019)
2) Medical College of Wisconsin, Inc. (MCW), Milwaukee, WI, USA มี MOU 5 ปี (ค.ศ.2014-2019)
คุณลักษณะบัณฑิตที่พึงประสงค์
1. มีคุณธรรม จริยธรรม ทัศนคติ และเจตคติเชิงบวกต่อวิชาชีพ และสังคม
2. มีความรู้ความสามารถ และทักษะด้านการแพทย์ตามเกณฑ์มาตรฐานวิชาชีพแพทย์ โดยคำนึงถึงหลักฐานเชิงประจักษ์และความปลอดภัยของตนเอง ผู้ร่วมงาน และผู้ป่วย
3. สามารถปฏิบัติงานในฐานะแพทย์เวชปฏิบัติทั่วไปในระบบบริบาลสุขภาพ หรือบทบาทอื่นที่เกี่ยวข้องทางการแพทย์ และมีพื้นฐานเพียงพอในการศึกษาต่อเพื่อเป็นผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทาง
4. มีทักษะการเรียนรู้ด้วยตนเองอย่างต่อเนื่องตลอดชีวิต โดยสามารถวางแผน แสวงหาความรู้ คิดวิเคราะห์ และแก้ปัญหาอย่างเป็นระบบ
5. มุ่งเน้นการบริบาลผู้ป่วยแบบองค์รวมได้ถูกต้องอย่างมีวิจารณญาณ บนพื้นฐานของความเมตตา เคารพในการตัดสินใจ และศักดิ์ศรีของความเป็นมนุษย์
6. ทำงานร่วมกับผู้อื่น/สหวิชาชีพได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยมีภาวะผู้นำและผู้ตามที่ดีมีปฏิสัมพันธ์ที่ดีกับผู้อื่น และมีความรับผิดชอบต่อวิชาชีพ องค์กร และสังคม
7. บูรณาการความรู้ทางการแพทย์เข้ากับวิถีชีวิตภายใต้บริบทพหุวัฒธรรม